En esta época había muchas reformas agrícolas y también crecían muchos las organizaciones como Central Nacional de Trabajadores del Campo (CNTC) y Asociación Nacional de Campesinos de Honduras (ANACH).  En estos tiempos, el gobierno empezó las primeras distribuciones de tierras agrícolas a los Ch’ortí’ en las comunidades de Carrizalon, Choncó y Tapesco.

Los profesores Lázaro Flores y Gerardo Velásquez (UNAH y UPN) visitaron las comunidades.  Ellos hicieron una etnografía que resultó una obra acerca de la identidad indígena. También realizaron una encuesta y un censo de los indígenas Maya Ch’orti’.

En 1989 el gobierno de Honduras firmó el Convenio 169 sobre pueblos indígenas y tribales en países independientes.  Este evento les dio ánimo a los pueblos indígenas porque el convenio reestableció los derechos humanos de ellos.  En 1991 algunos Ch’orti’ fueron asesinados como resultado de la lucha por sus derechos.

En 1994 se empieza a conocer El Convenio 169 en las comunidades a través de Profesor Flores y el OCDIH (Organismo Cristiano de Desarrollo Integral de Honduras), en abril de ese año da inicio a su intervención en aldeas Ch’orti’ y El Convenio 169 es ratificado por Honduras el 10 de mayo de ese año.

Se organiza el primer Consejo Provisional Nacional Indígena Ch’ortí’ de Honduras (CONIMCH) en Santa Rosa de Copán el 18 y 19 de noviembre, siendo nombrada Primera Consejera Mayor, María de Jesús Interiano, originaria de la comunidad de Carrizalon.  También se eligieron a los primeros Consejos Rurales Indígenas en las comunidades del Chilar, San Francisco, Estanzuela, La Pintada, Barasqueadero, Rincón del Buey, Corralito, Carrizalito, Nueva Esperanza, y Llanetillos.

En 1995 un hombre de mucho valor y grandes ideas de la cultura Maya Ch’ortí’ de nombre Cándido Amador se unió a la causa, y en el mismo año CONIMCHH se incorporó en la Confederación de Pueblos Autóctonos de Honduras (CONPAH).

En 1996 se hace el reconocimiento oficial del pueblo Maya Ch’orti’ con una población aproximada de 8000 habitantes, y se obtiene Personería Jurídica de la CONIMCHH con 19 comunidades afiliadas.

En 1997 Cándido Amador se levantó con la bandera de lucha legal por la tierra y la recuperación de la historia y cultura de su pueblo. Poco tiempo después se convierte en mártir al morir por la causa el 12 de abril de ese mismo año, a Cándido lo acompañaron en su sepelio varios pueblos indígenas (Tolupanes, Garífunas y Lencas), reuniendo no menos de 3000 dolientes.

Cándido Amador fue paseado por todo Copán Ruinas a petición suya en vida, porque sabía que era perseguido por sus valientes acciones en defensa de su pueblo. Su cuerpo fue sepultado en la comunidad de Rincón del Buey, frente a la escuela Embajada de Japón. Cuarenta días después, fue exhumado para realizarle estudios de medicina forense, y luego fue sepultado en el cementerio de la misma comunidad.

Las acciones de Cándido no fueron en vano ya que muy pronto el pueblo se levantaría con mucha más determinación para dar seguimiento a la noble lucha del pueblo indígena.

El 25 de abril se da también el asesinato de Ovidio Pérez, quien fue otro líder valiente.  Como resultado cuatro comunidades se retiraron de la organización porque tuvieron miedo a la persecución de sus dirigentes indígenas que se había iniciado por los terratenientes y militares de la zona.

Con un fuerte espíritu de lucha por la reivindicación de nuestros derechos y motivados por el dolor de la pérdida de dos líderes, el 1 mayo el pueblo Maya Ch’ortí’ de Honduras realizó una peregrinación a Tegucigalpa a la que se unió toda la COMPAH.

El acontecimiento duró 15 días acompañado de una huelga de hambre realizada el 13 de mayo, y logró el acuerdo de 14,700 hectáreas de tierras para el pueblo Maya Ch’orti’.

Para diciembre se realizaron las primeras compras de tierras (350 hectáreas no cultivables e improductivas). Se inició la construcción de algunas obras de desarrollo como Centro Comunal, Escuela, Centro de Salud en Rincón de Buey y surge el equipo de Comunicaciones de la CONIMCHH.

A la vez que cosechábamos los frutos de nuestra lucha también crecía nuestro sistema organizativo y se aceleraban las medidas de presión para lograr nuestros ideales.

En agosto de 1998 se realizó una segunda peregrinación a Tegucigalpa y se hizo una toma de la Embajada de Costa Rica y se acompañó el evento con una nueva huelga de hambre, en este caso hubo un fuerte desalojo, sin embargo, se establecieron nuevos acuerdos.
En protesta por la tardanza en el cumplimiento de estos acuerdos, el 1 de septiembre hicimos la primera toma del Centro Ceremonial de Copán Ruinas y el bloqueo de la carretera internacional en Ocotepeque al que el Estado respondió con un nuevo desalojo violento y el tiroteo a ocho hombres en Ocotepeque y la muerte de uno. Posteriormente, realizamos la toma de las instalaciones del INA (Instituto Nacional Agrario) en Tegucigalpa y con esto se logró la compra de 1,715 hectáreas para las comunidades de Carrizalon, Boca del Monte, Chilar, Laguna, San Rafael y Estanzuela.

Otro avance registrado en esta época fue la contratación de algunos maestros de Guatemala (Rigoberto López) para la enseñanza del idioma Ch’orti’  y el apoyo al rescate de costumbres y tradiciones como el Tz’ikin, El Padrino, el Festival del Elote y otras ceremonias Mayas.